Der Bund Naturschutz kritisiert, dass sich der Ausbau des Hochwasserschutzes an der niederbayerischen Donau verzögert. Notfalls müssten Teil-Planfeststellungen erfolgen, fordert der Deggendorfer Kreisvorsitzende Georg Kestel. Er will auch den natürlichen Rückhalt in der Fläche wiederherstellen – beispielsweise mit der Renaturierung von Mooren, Feuchtflächen und Bächen. Kritik gibt es dagegen am geplanten Pumpspeicherkraftwerk Riedl, das massiv in den Fluss eingreifen und die Fischfauna gefährden würde.